凝膠電泳是一種允許在其組成分子水平上分析DNA的技術(shù)。在這種DNA可視化方法中，將樣品放置在瓊脂糖凝膠介質(zhì)上，并在凝膠上施加電場(chǎng)。這會(huì)導(dǎo)致DNA片段根據(jù)其電化學(xué)特性以不同的速率通過凝膠遷移。

對(duì)于這種可視化技術(shù)，在電泳前將溴化乙錠與瓊脂糖粉，EDTA緩沖液和水混合以形成凝膠基質(zhì)。結(jié)果，溴化乙錠分子變得均勻地分散在整個(gè)基質(zhì)中。一旦凝膠的孔中充滿了各自的DNA樣品和跟蹤染料，就可以施加電壓以緩慢地在基質(zhì)上吸引大的極性化合物。

在此運(yùn)動(dòng)過程中，由于溴化乙錠電荷的作用，DNA分子的堿基暫時(shí)結(jié)合到了顆粒上，并將其拖動(dòng)。到凝膠電泳完成時(shí)，每個(gè)DNA分子都吸收了大量的溴化乙錠。

在紫外光存在下，溴化乙錠顯示出熒光。技術(shù)人員會(huì)在凝膠上照射經(jīng)過特殊校準(zhǔn)的紫外線，而機(jī)器會(huì)捕獲發(fā)光碎片的圖像。

如果沒有紫外線透射器或不實(shí)用，則技術(shù)人員可以通過將完成的瓊脂糖凝膠（其中帶有電泳的DNA）浸泡在亞甲基藍(lán)溶液中過夜，使DNA在正常條件下可見。

具有明顯疏水性的陰離子亞甲基藍(lán)分子的氯化物鹽會(huì)滲透整個(gè)凝膠基質(zhì)。但是，整個(gè)DNA中的氫鍵會(huì)導(dǎo)致染色分子積聚。DNA染色密度的增加會(huì)產(chǎn)生肉眼可見的深藍(lán)色陰影。

除了DNA條帶的相對(duì)大小之外，技術(shù)人員還可以使用稱為跟蹤染料的化學(xué)物質(zhì)來測(cè)量每個(gè)片段的絕對(duì)大小（以堿基對(duì)為單位）。在不添加亞甲基藍(lán)或溴化乙錠的情況下可見，在電泳過程中，示蹤染料（如溴酚藍(lán)和二甲苯氰）在瓊脂糖凝膠基質(zhì)上移動(dòng)的速度與分別由300個(gè)核苷酸和4,000個(gè)核苷酸組成的DNA片段相同。在電泳中，更大的DNA片段比較小的片段穿過凝膠基質(zhì)的速度要慢。因此，盡管示蹤染料不會(huì)直接影響DNA片段的可見性，但將DNA片段在凝膠中的位置與這些染料的位置進(jìn)行比較，可使技術(shù)人員“看到”該DNA片段所含核苷酸的大概數(shù)量。